A Vatikáni Titkos Levéltárat V. Pál pápa 1612-ben hivatalosan is a Vatikáni Könyvtártól különálló egységként hozta létre. Ez jelentős szervezeti döntés volt, amely az egyházi dokumentumok szisztematikus megőrzéséhez vezetett.
A tudósok korábban csak nagyon korlátozottan férhettek hozzá az archívumhoz, amely a 19. század végéig zárva maradt a kívülállók előtt. Ekkor XIII. Leó pápa megnyitotta az archívumot a kutatók előtt, és ma már évente több mint ezer tudós vizsgálja meg néhány dokumentumát.
A Vatikáni Titkos Levéltár az állami iratoktól és levelezéstől kezdve a pénzügyi főkönyvekig terjedő anyagok széles választékát őrzi, amelyek az egyház kiterjedt történelmi nyilvántartását tükrözik.
A számos történelmi korszakot átfogó gyűjtemény különböző típusú dokumentumokat tartalmaz, például pápai rendeleteket, hivatalos rendeleteket, személyes leveleket és kéziratos kéziratokat. Ezek az iratok a témák széles spektrumát ölelik fel, illusztrálva a katolikus egyház befolyását és részvételét a nemzetközi ügyekben az idők folyamán.
A Vatikáni Titkos Levéltár figyelemre méltó gyűjteményt őriz, amely tizenkét évszázad történelmének krónikája, és a 8. századtól a 20. századig terjedő időszakot öleli fel. Ez a hatalmas tárház több mint 600 levéltári gyűjteményt tartalmaz, 35 000 kötetbe aprólékosan rendszerezve.
A dokumentumokat több mint 85 kilométer hosszúságú polcokon őrzik. A gyűjtemény jelentős részét a Vatikáni Múzeumokban, a Cortile della Pigna alatt található Bunkerben, egy biztonságos, föld alatti, két szintes páncélteremben tárolják. Ez a létesítmény e felbecsülhetetlen értékű történelmi iratok megőrzésére és védelmére szolgál.
A Vatikáni Titkos Levéltár számos nevezetes dokumentumot tartalmaz, például a Luther Mártont kiátkozó pápai bullát, a Templomos Lovagok perének jegyzőkönyveit, valamint a Vatikán és a történelem kiemelkedő személyiségei közötti levelezést.
A leghíresebbek közé tartozik Galileo Galilei 1633-as tárgyalási jegyzőkönyve, amely a római inkvizíció előtti, a heliocentrizmust hirdető perének krónikája. A levéltárban állami dokumentumok és diplomáciai levelezés is található, amelyek megvilágítják a Vatikán szerepét a világ ügyeiben.
A Vatikáni Apostoli Levéltár a pápa, mint Vatikánváros uralkodója tulajdonában van, és minden új pápának átadják. Történelmileg a levéltárhoz való hozzáférés szigorúan korlátozott volt, és csak néhány kiválasztott személynek volt lehetősége hozzáférni. Az utóbbi években azonban ez a politika megváltozott, és szigorú feltételek mellett lehetővé tette a képzett tudósok és kutatók számára a belépést, és korlátozta, hogy milyen dokumentumokat vizsgálhatnak meg.
Ferenc pápa 2019-ben átnevezte a levéltárat "Vatikáni Apostoli Levéltár"-ra, hogy eloszlassa a "titkos" szóval kapcsolatos tévhiteket. Az eredeti kifejezés a gyűjtemény magánjellegét hivatott tükrözni, mivel az a pápa tulajdona, nem pedig azt, hogy valami rejtett, titkos vagy rejtélyes dologra utaljon.
Sergio Pagano, aki 2005-ben lett a levéltár prefektusa, megjegyezte, hogy a levéltár teljes megnyitása kihívást jelent a levéltár mérete és a dokumentumok történészi hozzáférésre való előkészítésének nehézségei miatt. Megjegyezte, hogy a levéltárhoz való hozzáférés iránti érdeklődés gyakran csökken, amint a dokumentumok hozzáférhetővé válnak, ami arra utal, hogy az igény néha inkább kíváncsiságból, mint komoly tudományos kutatásból fakad.
Pagano kitért arra is, hogy vonakodnak kiadni a XII. Piusszal kapcsolatos dokumentumokat, és ezt a nyomást a katolikus egyház lejáratására tett kísérletként értelmezte. Megjegyezte, hogy a vatikáni levéltárból származó dokumentumokat általában csak 75 év elteltével adják ki, bár a pápának joga van arra, hogy korábban is engedélyezze a kiadást. Ez a politika azt jelzi, hogy jelentős időbe telhet, amíg több információ kerül nyilvánosságra az egyház történetének bizonyos aspektusairól. Mivel az Egyház egy szuverén nemzet autonómiájával működik, ezekben a kérdésekben kizárólagos mérlegelési jogköre marad.